František Malotin je 20 godina bio učitelj sviranja na flautu, predavao je na glazbenoj školi u Pragu, 40 godina na konzervatoriju, njegovi đaci do danas dosežu svjetske uspjehe. Dugo godina je svirao prvu flautu u orkestru Čehoslovačkog radija. organizirao je desetke kurseva i seminara za flaute.